一、保留意见事项不对应纳税所得额产生影响 (一)企业对占控股地位的投资未按权益法核算及应合并而未合并会计报表的事项。企业会计准则规定，对子公司的投资若占50％以上或实际上拥有控制权就应对长期投资采用权益法核算(是否合并报表通常不对利润总额产生重要影响，可以不予考虑)，无论子公司是盈利还是亏损，母公司均应按其持股比例计算投资收益。国家税务总局规定，只有在子公司已进行利润分配后，母公司才须对归属于其的投资收益计缴所得税，意即按权益法计算的投资收益，不必计缴纳税，并且子公司的亏损也不允许在母公司抵补。利润总额中未包括这笔收益或损失时，也就不会产生纳税调整问题，因而不对应纳税所得额产生影响。 (二)其他非会计核算不规范，但注册会计师认为应保留意见的事项。如当企业出现严重亏损时，注册会计师可能对企业是否能持续经营提出保留意见；注册会计师还可能对企业的严重违规经营行为出具保留意见审计报告。 二、保留意见是针对企业少计利润总额行为，通常应增加企业的应纳税所得额 (一)少计收入。如应计未计待转销汇兑收益，应计未计按租赁期计算的租金收入、按工程进度预计的收入、分期收款发出商品收入等等。 (二)多计成本。如少保留产成品成本，从而多计产品销售成本；施工企业多估算及结转完工工程成本；工资、利息等少计入在建工程，从而多计销售成本。 我国《企业所得税暂行条例》和《外商投资企业和外国企业所得税法》规定：应纳税所得额=收入总额－准予扣除项目金额(简称公式甲)。根据公式甲，以上会计上少计的收入均要计入收入总额；会计上多计入成本费用的金额都要减少可扣除项目的金额。注册会计师在计算应纳税所得额时，应以税务规定为标准，向企业建议以上事项均应调整增加应纳税所得额，如有需要还应对应交税金科目作相应的调整。内资企业的纳税申报表还专列了一项少计或未计应税收益调整项目。但是注册会计师提出的会计和纳税调整事项均不具有强制性，企业也可能不接受上述调整事项建议，此时注册会计师可视应交税金及纳税调整金额影响的重要性，在审计报告中提出保留意见，详细说明应予调整的项目、原因及金额。 三、保留意见是针对企业多计利润总额行为，一般认为可调减应纳税所得额 (一)企业纳税年度内少计成本费用，包括应计未计费用。如利息、折旧、模具费，应摊未摊无形资产、递延资产及其他资产，应计入本期而保留在存货中的成本。 (二)企业纳税年度内多计收入。如房地产企业将预收购房款按收款而非销售实现时间转入收入，将跨年度租金收入提前转入本期收入。 上述行为均多计了企业的利润总额，但若按税务规定，在会计上多计的收入并不构成公式甲的收入总额，在会计上少计的成本可作为公式甲的扣除项目金额。财政部与国家税务总局财税字(1996)79号文规定：企业纳税年度内应计未计扣除项目，包括各类应计未计费用、应提未提折旧等，不得移转以后年度补扣。这一规定并未提及会计上未计入的应计费用，税务上可否在当年列作可扣除项目金额。因此，在具体其他政策规定出现之前，应当允许企业对以上纳税年度内多计收入或少计成本行为进行纳税调整。同时，应对以上调整作备查登记，在以后纳税年度申报所得税时，应对上述会计上不应计入但已计入以前年度的收入计入相应纳税年度的收入总额，会计上应计入但未计入以前年度的成本费用在补记时，调整增加应纳税所得额。 四、保留意见是针对不确定或或有事项时，对纳税所得额的影响也是不确定的 (一)注册会计师可能受时间、空间等客观条件限制，无法施行必要的审计程序，以验证某些资产确实存在，某些会计事项确实已发生。如注册会计师可能并未参加期末存货监盘，又无其他满意审计程序，以证实期末存货确实存在；因未对子公司进行有效审计，不能确定该子公司是否已进行利润分配及母公司可分配数。 (二)某些事项虽已发生，但其数额难以确定，有待确定后再进行会计处理。如购货方或被投资方因经营不善，进行破产清算，其可收回货款或投资数额不能确定，故损失额亦不确定；存货、固定资产、在建工程因变质、报废、质量事故等转入待处理，但其损失或收益数额仍难以确定。 以上事项，注册会计师可能会从职业判断的角度出发，提出保留意见，根据我国财会制度，除了对应收账款项目可计提一定的坏账准备外，一般不对上述事项作会计处理，税务上通常也不必进行调整。但对某些保留意见事项，如不能确定子公司是否已分配利润，企业的存货反映是否真实，有无已售但账面仍保留存货 作未售处理等事项，税务部门可能会作重点检查，以减少不确定事项对税务的影响。
