内部审计职能受内部审计对象的制约，是内部审计本质属性的反映。其职能有： (1)监督职能。内部审计主要是监督被审计单位各种业务经营活动的合法性和合规性；监督其内部各种经济活动的有效性和经济性；监督反映经济活动资料的真实性。 (2)评价职能。内部审计一方面对被审计单位的财务状况、财务成果及其经济活动作出评价，另一方面对单位的计划、预算、决策方案的可行性和合理性，对单位某一方面的经济活动或单位整体经济活动是否遵循既定目标和决策进行评价，对单位制定的各种内部控制制度和管理责任制度以及各种具体操作规程的合理性、完备性和有效性作出评价。 (3)管理职能。内部审计一方面要指出被审计单位经营管理上的优缺点，另一方面针对企业经营过程中存在的弊病或薄弱环节，提出比较全面、中肯、可行的建议，有助于被审计单位加强管理。
