1998年审计署组织各地审计机关开展了专项资金审计，其中包括对水利和三峡移民资金的管理使用情况。此次审计署组织了对全国31上省、自治区、直辖市的2130个地市县水利部门和长江、黄河等6个流域水利委员会管理和使用的水利专项资金的审计，查出有19个省少征水利建设基金35.71亿元，占应征数的69％，有12个省分文未征；还查出挤占挪用水利建设基金用于平衡预算、弥补行政经费、建房、购车和办企业等达13.4亿元。审计署还对三峡移民资金的管理使用情况进行了审计，查出挤占挪用移民资金2.37亿元和移民安置不落实等问题。
