1998年审计署组织各地审计机关开展了专项资金审计，其中包括对水利和三峡移民资金的管理使用情况。 此次审计署组织了对全国31个省区市的2130个地市县水利部门和长江、黄河等6个流域水利委员会管理和使用的水利专项资金的审计，查出有19个省少征水利建设基金35.71亿元，占应计征数的69%，有12个省分文未征；还查出挤占挪用水利建设基金用于平衡预算、弥补行政经费、建房、购车和办企业等达13.4亿元。审计署还对三峡移民资金的管理使用情况进行了审计，查出挤占挪用移民资金2.37亿元和移民安置不落实等问题。 1998年审计署组织了对1996年、1997年电力建设资金的征收和管理使用情况的审计，经审计查实，电费加价征收和电力建设基金挪用情况较为严重。 1998年审计署组织了对22个省区市电力建设基金和20个省区市三峡工程建设基金使用情况的审计，发现一些地区在国家规定的电价之外自行加价征收近120亿元。一些省一级政府下达文件以地方电力建设基金等名义加收电费，还有些地、市、县政府也巧立名目，以城市电网改造费、变电站建设集资费等名目自行决定加价，而层层加价往往使企业和群众不堪重负。 此外，审计还查出一些省市越权减免、少征、漏征电力建设基金28.4亿元，挤占挪用电力建设资金近31亿元。
