蔡元培在五四运动中的地位，海内外研究蔡元培的学者多种说法，最主要的有三种：①蔡元培直接领导了五四运动；②蔡元培间接地领导了五四运动；③蔡元培侧面掩护策应了五四运动。日本著名的史学家竹内好说：“是蔡元培培植的新思想的种子在中国的学生中渗透、发芽、结出了果实。”这种提法较贴切地概括他在新文化运动中的实际作用。五四运动是在北大发起的，首先是由于他对北大改造，然后才有以北大为中心爆发的五四运动。五四运动是新文化运动的必然，是新文化运动发展的一个重要阶段，二者密不可分的。 1917年1月4日蔡元培到北大正式任校长。当时的北大有“仁学院”传统的官僚习气，意识观念陈旧，生活作风的腐朽弥漫着校园，多数学生仍继承前清老爷式的风气，进入北大不是为学知识而来，只想混张毕业文凭，作为毕业后混事的资本。 在蔡元培任北大校长前，他的许多知心朋友针对北大当时的情况也劝他别去北大，以免毁掉他的名声，孙中山先生认为：“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国性教育。”在这期间蔡元培所起的主要作用有以下几点：一、倡导民主作风，为五四新文化运动营造一个氛围。二、强调学术研究，培植了五四新文化运动思想的种子。三、聘请一批有新思想的杰出学者，并给予有力的支持，成为五四新文化运动守护神。四、五四新文化运动的主帅。 1918年11月第一次世界大战结束，德国被战败，中国作为战胜国也沉浸在欢庆之中，希望废除一切不平等条约，蔡元培在天安门设露天讲台，邀请北大教员对民众进行演讲。1919年4月30 日巴黎和会又决定把德国在中国山东的一切特权全部转让给日本，5月1日消息传到北京，北京学生反对帝国主义、封建主义的运动终于爆发了，这就是“五四”运动。蔡元培不仅同情支持学生的爱国运动，而且领导了这次运动。
