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对共建高校，省政府采取了三种不同的经费投入方法：一是每年省政府的基建投入相当于部委全年拨给学校的基建投入总额；二是省政府投入的总额相当于部委对该校投入的增加部分；三是省政府视自身财力的情况给予适当的专项投入。另外，省政府还在教师生活、医疗保健、科研和学科建设等方面都给予了支持。 从全省来看，高教投入随经济发展、财政收入增长而增加。"八五"期间，省政府财政投入高教经费共28.3187亿元（见表三），是"七五"时期投入的3.7倍，居全国各省市高教投入之冠。 
（二）部委学校划转地方。广东省原有部委属高校12所，其中已划转3所，包括国家教委属的广州外语学院、外贸部属的广州外贸学院、农业部属的湛江水产学院。目前，正在协商划转的学校还有交通部的广州航海专科学校、中国石化总公司的广东石油化工专科学校。上述三所学校划转后，招生规模及专业均得到了增加，提高了我省的高级专门人才的培养能力。学校划转后，经费的投入有了较大的增幅。划转前，广州外贸学院的年度正常经费是569万元，划转后的1995年年度经费达1175万元。划转前，广州外语学院年度经费930万元，划转后的1995年达1310万元。划转前，湛江水产学院年度经费830万元，划转后的1996年经费达1130万元。正常经费每年还有所增加，在学科建设、科研项目，高层次人才培养等方面，省均给予政策和财务的倾斜，作为重点建设的学校进行扶持。在基建投资方面，三所学校划转后，省政府将其作为省属重点建设学校来投资，已投入基建费6000多万元。 （三）合并调整。1994年，我省根据全国教育工作会议精神和国家教委关于高等学校布局调整的要求，制定了广东省普通高等学校布局调整的方案，经国家教委同意，我省分步实施上述方案，广州外语学院与广州外贸学院合并，组建广东外语外贸大学；深圳师范专科学校并入深圳大学，组建深圳大学师范学院，撤销深圳师范专科学校的独立建制；广东电力专科学校并入华南理工大学，组建华南理工大学电力学院，撤销电专的独立建制；佛山大学与佛山农牧高等学校合并，组建佛山科技学院；湛江水产学院与湛江农专合并，组建湛江海洋大学。上述合并涉及的学校共13所。从1996年至1998年，省政府对合并后的广东外语外贸大学和广东工业大学分别投入1亿元和1.5亿元；以中山大学、华南理工大学和华南农业大学为依托并在湛江农专和湛江水产学院合并基础上组建的湛江海洋大学，省政府亦投入1.5亿元，湛江市政府投入3000万元。佛山科技学院的组建，深圳师专并入深圳大学办师范学院，当地市政府都分别增加了投入。在省委省政府的指导下，合并工作顺利完成，并逐步转入学校内部的院系调整，已初见成效。在合并过程中，省领导的态度非常鲜明，合并并非赶潮流，而是为了使学校间能优势互补、资源共享、提高质量、提高效益。 （四）合作办学。积极开展校际间的合作办学，使学校的人、财、物得到充分的利用。广州市石牌高校合作办学，始于1994年上半年，这是由地处石牌、地域相联的6所不同主管部门的高校组成合作办学的群体，实行教师互聘、联合培养研究生、合作科研，共享图书资料信息，学生跨校选修，互相承认学分。省政府投资1200万元，在其中的4所学校内，建立了4间共用实验室。在6校之间开通交通车，方便师生上课等。6校联合参与地方经济建设，并选择一些与地方经济发展密切相关的科研课题进行联合攻关，如生物技术生产功能食品基料的研究，石油化工中新型催化材料，新的反应技术和新的原料路线的研究开发，广州沙河涌污染源调查与污水处理技术研究等，已取得了阶段性的成果。 中山大学、华南理工大学、华南农业大学几所部委属老校，协助新组建的湛江海洋大学设置专业及系，有效地缩短了该校发展的时间，在短时间内建立起省的海洋经济人才的培养基地。 中山大学生命科学院与广州中医药大学合作办7年制硕士研究生学位班，培养复合型的高层次中医专业人才，中山大学、广州大学、澳大利亚新南威尔士大学合作办国际会计硕士研究生班，不用出国门即可取得国际通用学位。
