在黄帝时代，已经具有比较统一的祭祀制度。在仰韶文化中、晚期的遗址中发现有秩序井然、布局整齐的墓葬群，在新石器晚期的甘肃武威齐家文化遗址，还发现了以牲畜为牺牲的祭祀场。这都表明当时人们已经具有较为发达的灵魂和鬼神观念，已经产生了大规模的祭祀活动。 按照后人的追述，在远古对于祖先的祭祀主要是郊、祖、宗三大类。所谓郊，就是在祭祀上帝的时候同时还祭祀祖先。所谓祖和宗，则是在称作“明堂”的祖庙中祭祀祖先神。黄帝崩，当时人们自然要根据传统习惯祭祀黄帝。据马骕《绎史》引证《竹书纪年》及《博物志》：“黄帝崩，其臣左徹取衣冠几杖。庙祀之。”意谓黄帝死后，他的臣子左徹取其衣冠几杖建庙加以祭祀。 在古代，各部族祭祀的对象和内容都是互不统属的。《左传》曾经指出： 神不歆非类，民不祀非族。 意思是说祖先的神灵不愿享用异族人所供奉的牺牲，民人也不该去祭祀与本族异宗的祖灵。“非我族类，其心必异”。这种状况在交换并不频繁的原始社会显然具有普遍性。而黄帝的祭典也有可能在本族内部流行了相当长的时期。这是黄帝祭祀的第一个阶段。 在黄帝死后的一千年间，华夏族的地位日益上升，对黄帝的祭祀又呈现出一种新的迹象。黄帝不但作为华夏族的始祖，而且还赢得其他部族的崇敬。在当时祭祀始祖的禘礼中，黄帝占有很重要的地位。所谓禘礼，即郊礼时以始祖相配。禘礼在古代祭礼中是一项非常重要的礼典，它在一定程度上显示部族信奉一个怎样的精神领袖。据《国语·鲁语》记载，在东夷族的商民兴起之前，华夏族的主体炎黄部族始终是当时文化的主角，它具有政治上的霸主作用，而这一时期的始祖祭祀，以黄帝为主要对象。这是黄帝祭典的第二个阶段。 黄帝祭典的第三个阶段是商、周时期。这一时期，由于东夷文化的长期影响，喾被提升为各族共祭的始祖，而黄帝则降格为炎、黄部族后裔的祭祀对象。 黄帝祭典的第四个阶段是春秋、战国和秦汉之际。这一时期，随着诸侯争霸局面的出现，各诸侯都试图追溯各自的族源或所在地的历史英雄，打破以往单一的祭祀体制。如秦国始祭白帝，并于秦灵公三年（前422）作吴阳上畤，祭黄帝，作下畤，祭炎帝。 这表明当时占据关中以西地区的秦国就试图在祭祀制度上形成自己的特色。战国中、晚期，随着儒、道、墨、法诸子百家对以往历史研究的深入，人们大致能够懂得从黄帝到西周已经经历了一个相当复杂的发展历程，他们试图总结历史演变的某些规则，并出现了邹衍为代表的五德终始说。邹衍认为五行存在相胜的关系，木克土、金克木、火克金、水克火、土克水。历史也是如此，代表木德的王朝必将取代土德的时代，如此类推，循环无穷。邹衍的学说在当时引起了巨大反响。他到魏国时，魏惠王亲自郊迎，待之以宾客之礼。到赵国时，平原君“侧行襒席”，尊敬的程度超过了宾客，到燕国时，燕昭王“拥彗先驱”，拜他为师。后来秦国更是以水德自居。五德终始说加强了人们的历史意识，从而使得各诸侯国在祭祀制度中，增添了对于历代帝王定期、平等祭祀的内容。 秦汉之际，五德终始以更加精密的天人感应形态出现。不但人世间是五德轮流转换，天文现象也是黄、青、白、赤、黑五帝迭易其位。而黄帝被当作天帝之一在郊祀天地的国家大典中得到重视。黄帝被纳入祭祀天地之大典中，再一次证明，虽然秦汉王朝各以创业之君作始祖以配天，但黄帝和其他四帝在中华民族的始祖地位仍然得到曲折地反映。 黄帝祭典的第五个阶段是两汉至清末的时期。这一时期，黄帝祭典开始成为定制，只有个别细节在不同朝代有所变化。它主要有三类内容： 其一是作为天帝之一在郊祭天地的大典中得到附祭。 汉高祖立为汉王两年后的冬天，有感于秦之吴阳之畤只有白青黄赤四帝之祠，另立黑帝祠。虽不亲自去祭祀，悉召故奉祀官，并置太祝、太宰，按照原有礼仪致祭（《汉书·郊祀志》）。汉武帝时，除祠五畤之外，又在甘泉筑泰一祠坛，在汾阳建后土坛。泰一坛有三陔，五帝坛环居其下，在黄帝坛南开辟有八通鬼道。祭祀时，杀一嫠牛以为俎豆牢具，而五帝独有俎豆醴进其下，四方地为腏，食群神、从者及北斗。祭礼完毕，行望燎礼。汉成帝时，罢甘泉泰一祠、汾阳后土祠和雍五畤，在长安建南、北郊坛。正月在南郊祭天，三月在北郊祀地。东汉光武帝在平陇、蜀之后，增广洛阳郊坛。坛分上下两层，上层为天地之位，下层分设五帝之位。祭祀时以汉高祖作始祖，天地、高祖、黄帝各用犊一头。后来又另立北郊祭后土（《后汉书·郊祀志》）。 自东汉至隋唐，黄帝作为天帝之一在历代国家的郊天大典中得到祭祀。 在古代祭祀中，也有对五方帝的特祭现象。据东汉永平二年（59）所订礼制，祭五方帝的礼主要是迎气之礼。立春之日，迎春于东郊，祭青帝句芒。立夏之日，迎夏于南郊，祭赤帝祝融。立秋前十八日，迎黄灵于邑旁中央之地，祭黄帝后土。立秋之日，迎秋于西郊，祭白帝蓐收。立冬之日，迎冬于北郊，祭黑帝玄冥。这种礼制一直延续到明代之前。宋代有四郊迎气及土王日专祀五方帝的礼制。此制至明太祖始废。 其二，作为历代帝王之一在历代帝王庙中被祭祀。 自汉代起，就开始为先代帝王维修或营建陵园，分别立祠祭祀。隋代以祭祀先代帝王为常祀。在京城立有三皇五帝庙，另立庙祭祀三皇以前诸帝。唐玄宗天宝年间，明文规定对三皇五帝庙要以时致祭。《文献通考》载敕文说： 三皇五帝，创物垂范，未言龟镜，宜有钦崇。……黄帝以风后力牧配……其择日及置庙地，量事营立，其乐器请用宫悬，祭以少牢，仍以春秋二时致享。 金代章宗泰和四年（1204），“始祭三皇五帝四王”（《金史·章宗本纪》）。明洪武六年（1373），明太祖始建帝王庙于京师，以祀三皇五帝及汉唐创业之君，每岁春秋致祭（《明会典》）。帝王庙的神位布局是，帝王皆衮冕坐，惟伏羲、神农不衮冕。庙同堂异室，中一室祀三皇，东一室祀五帝，西一室祀三王，又东一室祀汉高祖、光武帝、隋文帝，又西一室祀唐太宗、宋太宗、元世祖；凡五室十七帝。洪武二十一年（1388）因京师帝王庙火灾，乃改建于鸡鸣山之阳，并规定每岁春附祭历代帝王于郊坛。明成祖迁都北京后，多依南郊从祀之礼。嘉靖十一年（1532）复在北京建历代帝王庙，罢废南京帝王庙，依春秋二次行祭礼。清代沿用此庙。
