哲学既是世界观又是方法论。笛卡尔作为欧洲近代唯理论哲学的创始人，特别重视方法问题，认为方法对于探求真理是绝对必要的，寻求真理而没有方法，不仅找不到真理，而且会把谬误当成真理，从而陷入更大的谬误。为此，他在《探求真理的指导原则》、《方法谈》等著作中，对方法问题进行了系统专门的研究。综合起来，笛卡尔在创立他的唯理论哲学学说的同时，也创立了以普遍怀疑为起点、以心身二元为基础、以数学方法为典范、以分析一综合为基本方法的唯理论的哲学方法论体系。 一、普遍怀疑的方法 普遍怀疑，既是笛卡尔哲学的的开端和出发点，又是他的哲学方法论的第一步。他认为，人们在少年时期，由于不能适当地运用理性能力，往往会把一些错误的见解当成真理。因此，要想建立起确实可靠的知识大厦，就必须从根本上重新开始，对它们持怀疑态度，把以前信以为真的一切见解统统清除出去。他说：“我对一件可以使我怀疑、可以使我不相信的事，都特别加以思考，同时把以前潜入我的心灵的一切错误都通统从我心中拔除干净”。（北京大学哲学哲学系编译：《十六一十八世纪西欧各国哲学》，商务印书馆1975年版，第146页）他不仅怀疑客观世界和感觉经验的真实性，而且怀疑数学真理的可靠性，甚至怀疑上帝存在的真实性。通过怀疑，笛卡尔最后发现，当他对一切进行怀疑时，只有“我在怀疑”本身是无可怀疑的，而怀疑乃是一种思想状态，既然我在思想，必然有一个“在想这件事的‘我’”，因为思想必须有思想的承担者——“自我”的存在。这样，笛卡尔就由普遍怀疑得出了“我思故我在”这条“连怀疑派的任何一条最狂妄的假定都不能使它发生动摇”的真理，并把它作为“所研求的哲学的第一条原理”（同上书，第148页）。 由此可见，笛卡尔式的怀疑，是一种方法上的怀疑。他从怀疑出发，并不是像怀疑论者那样为了怀疑而怀疑，而是为了获得确定性而怀疑，他把怀疑看作为了获得确实可靠的原则所必需的条件和方法。正如他本人所说，他的普遍怀疑，“并不是模仿那些为怀疑而怀疑并且装作永远犹疑不决的怀疑派，因为正好相反，我的整个计划只是要为自己寻求确信的理由，把浮土和沙子排除，以便找了岩石或粘土来”（同上书，第146页）。因而，笛卡尔式的怀疑，既不同于古希腊—罗马时期的古代怀疑学派的怀疑主义，也不同于后来英国经验论哲学家休谟的怀疑论学说。 皮浪和恩披里柯等古代怀疑论者，不仅怀疑存在本身，认为“我们谁都不知道任何事物，甚至于不知道‘我们究竟是知道某物还是什么都不知道’。我们也不知道是不是有东西存在”。（北京大学哲学系编译：《古希腊罗马哲学》，商务印书馆1961年版，第341页）而且怀疑感性认识和理性认识，认为一切感觉和意见都是相对的，感觉和理性相结合的结果同样也不能使人们获得真理，人们对于一个事物的意见永远不会达到一致，只能陷入永无休止的争论之中。为此，他们采取了对任何言行都不置可否、对一切都漠不关心的态度，放弃一切判断，避免一切争论，以求心灵之宁静。这种怀疑主义实则是一种消极的怀疑论，它由认识上的相对主义走向了认识上的虚无主义和逃避主义。尽管它对批判古希腊—罗马时期的各种独断论观点曾起到过一定积极作用，但它的消极态度最终却阻碍了人们对自然界和人类社会的认识。 休谟也是一位典型的怀疑论者。他的怀疑论既是本体论的怀疑主义，也是认识论的怀疑主义。他不仅怀疑物质、自我、上帝等实体的存在，而且怀疑人类理性的权威，怀疑经验论的力量，怀疑我们认识和把握自然界的能力。休谟的怀疑论同笛卡尔的怀疑论有着原则的区别，它是一种认识终点上的怀疑，而不是认识起点上的怀疑。休谟在他的怀疑论中表现出了一种理智上的迷惑；沮丧甚至绝望的情绪，表明经验论的独断论已走进了死胡同，它在认识过程中所产生的直接后果就是不可知论。 上述怀疑主义学说，都是消极的怀疑论，在这里，怀疑被绝对化了，超出了自身，使理性的武器反对理性自身，最终不能得出任何建设性的结论，只能导致认识上的虚无主义和不可知论。这种怀疑论是生长在哲学之树上的“不结果实的智慧之花”。而笛卡尔则重新锻造怀疑论这一思想武器，由此来达到对事物的确实可靠的认识，并借此来摧毁自文艺复兴以来日渐风行的怀疑主义的虚无主义。在这一点上，笛卡尔的怀疑论同奥古斯丁的怀疑论有着某种程度的相似之处。奥古斯丁也是以怀疑论作为他的哲学知识的出发点，并力求通过怀疑达到确定。他反对古希腊—罗马时期学园派哲学家们的那种“趑趄不前的疏懒状态”的怀疑论，认为怀疑这个基本事实已经内在地包含着确定性的真理，因为怀疑本身已经表明怀疑者的存在，即当我怀疑时，我知道我作为怀疑者，是存在的，否则，也就无从怀疑了。“在怀疑的时候，至少你知道自己存在着。”（奥古斯丁：《论幸福生活》第2卷，第2章第7节）但我们应该看到，奥古斯丁虽然也通过怀疑推论出了自我的存在来，但他与笛卡尔对“我思故我在”的论证之间存在着实质的区别。奥古斯丁的目的在于通过怀疑来求证抽象的自我的存在，即他抛开人的理性，借助“超自然之光”的神秘思维，证明人和上帝联在一起的本体论存在；而笛卡尔则力图通过“自然之光”即理性自身来肯定人的理性能力，肯定作为思维主体的人的具体的存在。 笛卡尔把普遍怀疑的方法作为他的哲学方法论体系的起点，是有着深刻的历史必然性的。因为，只有通过怀疑，才能摆脱中世纪宗教神学和经院哲学的羁绊，才能克服一切陈腐的偏见，为新的哲学的自由发展创造条件；只有通过怀疑，由怀疑达到确定，才能为新的哲学奠定坚实的基础。因而，“笛卡尔的怀疑不是一种主观随意的怀疑，不是既可以从它开始，也可以不从它开始；它是一种从他的哲学原理中必然产生出来的方法，是用以认识他的哲学原理的唯一手段”。（《费尔巴哈哲学史著作选》第1卷，商务印书馆1978年版，第164页）
