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1998年以来，中国普通高校的筹资模式发生了巨大变革。中央高校生均总收入稳步上升，地方高校增长停滞，生均财政拨款趋于下降，两者之间的差异逐步扩大。地方高校已由“政府投入为主”的模式在现实中演变成“政府和个人投入两为主”的模式。将这种特征置于地区财政能力、公共资源竞争、居民收入以及国际比较的背景下，既可以看到客观、合理的一面，又可以看到不合理的一面。在稳定学费水平的政策规定下，地方高校未来收入的增长空间将主要、也只能依赖财政投入的增加。
首先，1998-2006年，中央高校生均总收入稳步上升，地方高校则处于增长停滞状态，其中生均财政拨款趋于下降状态。在中央高校，实际生均总收入2006年比1998年增长了1.5倍多，生均拨款比1998年高出了1.4倍多。生均事业收入以及学杂费收入在呈现不断增长的趋势后，到2006年有所下降。在地方高校，生均收入呈现波浪式变动：2000年前缓慢增长，2001-2004年下降，之后又有所增长。2006年与1998年相比，仅有小幅的增长。生均拨款一直趋于下降，虽然2006年有小幅增长，但仍比1998年的低了25%以上。与此对照的是，生均事业收入和学杂费在2003年前经过一个快速增长之后，逐渐稳定下来，特别是学费收入，在2003年后，实际的生均学费一直维持在4700元以内。 其次，按实际收入计算的中央和地方高校生均收入差异逐渐扩大，在1998年中央高校是地方高校的1.6倍，而到2006年扩大到2.1倍。从收入结构来看，除两类高校在生均学费上差异较小外，其他几项收入来源均表现出较大差异。如在生均财政拨款上，中央高校实际生均拨款在1998年为8607元，这比地方高校的6498仅高2109元，而到了2006年，中央高校的达到12483元，比地方高校的4751元高出了7732元，差距由1.3倍扩大到2.6倍。即便是把其中的科研拨款去掉，这种差距也由1.1倍扩大到2.1倍。 第三，1998年以来，两类高校收入来源发生了明显的变化：政府拨款在下降，事业收入以及学杂费收入比重在上升，这在地方高校表现尤为明显。地方高校财政拨款比重与学杂费比重自2004年后已相差不大，均各占40%，学杂费构成了地方高校非政府拨款收入的主要来源。从总体上看，各年份政府拨款和事业收入均构成了教育事业费收入的主体，两者合计占总收入的比重均在85-94%之间。其他收入占的比重较小，并且有了小幅度的下降。就政府拨款比重来看，中央高校这一比重在1998-2005年间呈现了缓慢下降的趋势，最高的1999年为54%。最低的为2005年的47%。但到2006年这一比重开始提升，达到50%。与中央高校明显不同的是，地方高校政府拨款比重1998年以来呈现了较大幅度的下降。在1998年，政府拨款在地方高校充分发挥了财政主渠道的作用，其比重占到了63.5%，然而到2006年下降到40.7%，下降了近23个百分点。其中下降幅度最大的时期是在1999-2001年间，说明了这一时期大学扩招后，财政拨款明显低于学生数的增长。当然，自2005年后，地方高校财政拨款的比重逐渐稳定在40%以上。 与政府拨款比重下降趋势相对应的是，事业收入及学杂费比重逐渐上升，但是中央高校和地方高校同样表现了较大的差异：地方高校上升的幅度远远超过了中央高校。在中央高校，事业收入的比重由1998年的31%上升到2005年的42%，而后在2006年下降到40.5%，其中学杂费由12%上升到2005年的22%，而后又下降到2006年的20.8%。地方高校的事业收入比重在1998年还低于中央高校，仅为28.6%，然而到2005年上升幅度超过了22个百分点，达到51.3%。当然，2006年的这一比重有所下降，但仍接近50%。地方高校事业收入比重的这一变化主要是受学费比重的影响。在1998年地方高校学费收入占的比重不到20%，到2005年已经接近42%，2006年有小幅下降，但仍接近40%。数据还反映出，地方高校财政拨款比重与学杂费比重自2004年后已相差不大，均各占40%，学杂费已成为地方高校非政府拨款收入的主要来源。
