建立完善的科研体系，促进科研院所与大学的合作是切实提高我国科技创新能力的关键问题之一。由于历史原因，我国在科研分工上存在许多问题，大学与国立科研院所自成体系，部分职能重叠，两者缺乏合作，加之当前有关部门在科研管理上存在的一些问题，一定程度上造成了大学与科研院所间的恶性竞争和重复建设。 纵观世界，各大科技强国都非常重视科研体系建设和内部合理分工，不同科研主体各司其职，协调发展，大学与科研院所间既有竞争更多的是合作，而且大学在人才培养上处于主导地位，通常只有大学才能够授予学位。以德国为例，德国科研体系分工明确、结构完善，由政府公共财政支持的研究机构约有750个，主要由大学、独立研究机构、企业科研机构组成。在德国，大学是基础研究的主体。德国共有300余所大学和专科学院，“受德国公共财政资助的大学有344所，共有职员48万多人，其中全职从事R&D的学者超过15万人”[1]。大学里既有一支很强的基础理论及应用研究队伍，又是培养科研后备力量、保证科研力量不断更新的重要基地。国立研究所主要从事基础研发与应用研究，如马普学会(Max-Planck-Gesellschaft)、弗朗霍夫学会(Fraunhofer-Gesellschaft)、亥姆霍兹学会(Helmholtz-Gemeinschaft)。在德国，企业研发主要面向市场需求，仅有5%的企业从事基础研究。大企业为了保护竞争，全部研究与开发经费原则上由企业自行承担，除非大企业申请到国家科技规划的重点项目。小企业为了降低科研成本，实现资源共享，成立联合研究机构。 德国的国立研究机构与大学有着紧密的合作，主要通过三条途径：与大学进行合作研究；与大学联合培养博士研究生；建立研究小组，资助青年学者从事研究。以德国马普学会为例，学会从事自然科学和人文科学的基础研究，有意识地放弃在所有学科进行全面布局，把资金和力量集中在尖端和前沿领域，特别是大学和其它研究机构尚未开展或不适合开展的重要研究领域。与此同时，马普学会向其他研究机构提供科研服务，开放其实验室和仪器设备。同时，学会重视培养青年学者，吸收国内外大学生参与研究所的研究项目，资助国内外的博士生和博士后。马普学会非常重视与大学建立紧密的联系。大学将研究与教学紧密结合，培养了从事科学研究的青年学者，而且大学为整个研究体系提供了基础性的条件，成为整个研发体系的基石。马普学会实施了一系列灵活的合作政策，如通过设立联合聘任制和荣誉教授职位的方式，让学会和大学的学者共同参与指导学生；与大学合作共同支持青年科学家的科研活动；与大学达成合作协议，共同使用设备、实验室、图书馆和联合聘任等，这一切都有力地促进了科研的发展，德国研究协会(DFG)通过经费资助的方式鼓励马普学会与大学在热点学科、特殊研究领域和研究生院方面的合作。[2] 由于历史原因，在新中国成立之后的相当长时间里，我国的高等教育与科学研究分离，科学研究主要集中在国立科研院所，大学不被当作是科技创新的主体。在那种体制下，一批国立科研院所（包括中国科学院、中国医学科学院、中国农业科学院等等）发展成为一个庞大的科研系统，从基础研究到应用研究，几乎集中了我国的各类科学研究活动。而大学的科研力量相对较弱。《1956-1967年科学技术发展远景规划纲要》（以下简称《规划》）是建国后第一个科技规划，从项目、人才、基地和体制等方面对我国的科研工作进行了部署。《规划》对我国科研机构的设置和布局，大学的学科及专业调整，科技队伍的培养和科技管理体系等做了详细安排，进一步强化了苏联模式在我国科研体制中的主导地位。《规划》强调“用最大力量来加强中国科学院，使它成为领导全国提高科学水平，培养新生力量的火车头”，明确提出“科学院是学术领导核心”，“可以把主力放在发展新的科学技术领域和基础科学的研究上。”20世纪50年代中期，中科院与高等教育部联合在大学里建立了10个科学实验室，但在《规划》中，科学院的主导地位得到进一步强化，大学与科学院联合建立实验室的计划未能推广。应该指出的是，在建国后很长一段时间内，我国的科研力量相当薄弱，集中有限的力量开展科技攻关，对于发展我国关键的科技领域起到了非常重要的作用。但是其弊端也随着时间的推移而显现出来，特别是在很大程度上制约了大学提高其教育和科研的水平。 改革开放以后，这种状况逐步发生改变，上世纪90年代，国务院副总理李岚清同志通过对国际高等教育和科技发展宏观趋势的深入分析，提出了要建设教学和研究相结合的大学，第一次从国家层面提出了研究型大学的发展目标。1993年1月，国务院批准了国家教委《关于加快改革和积极发展普通高等教育的意见》，明确提出：力争到21世纪初，我国有一批大学和学科、专业进入世界先进行列，在教育质量、科研水平和学校管理等方面能与国际著名大学相比较。 研究型大学概念被我国高等教育界普遍认同，同时科学研究作为大学的三大职能之一，被教育界普遍接受，只有十几年的时间。1998年5月，江泽民同志出席北京大学建校100周年庆祝大会，明确提出“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”。经过十几年的重点建设，我国的一批研究型大学已在基础研究和高技术领域、承担重大科技任务、建设重点实验室、发表高水平科研论文等方面发挥越来越重要的作用，成为国家创新体系中一支越来越重要的力量，在基础研究领域的优势日趋凸显。与科研机构相比较，大学人才密集、教学相长，学科门类齐全、学术思想活跃，既适合进行原创性的基础研究，也利于通过多学科综合与集成，开展目标导向明确的应用性基础研究。
