非基督教运动和收回教育权运动是促使中国政府对教会教育政策发生根本性变化的转折点,即从此前消极的不理不睬转为力图把它纳入政府的监管之下,受中国教育政策、法律的约束,这是中国现代民族国家意识觉醒的产物。20世纪20年代收回教育权运动发生后出现的“立案”运动,是教会学校中国化、世俗化的转折点。与当时其他许多教会学校在“立案”问题上的对抗、抵制、讨价还价不同,辅仁大学对北洋政府、国民政府的两次“立案”都非常积极、主动。国民政府提高私立大学、教会学校的立案标准,迫使辅仁大学为达到立案标准,而不得不增加教学设施和加强师资力量,从而既加速了辅仁大学的中国化进程,也促成了辅仁大学的超常发展。教会教育中国化最根本的问题是教育管理、教育内容的本土化和世俗化,中国政府与教会教育者之间的博弈也始终围绕着这两大焦点展开。教会学校的立案,并不意味着教会教育权的真正收回,它只是加速了教会教育中国化的进程;也不表示中国化的完成,它只是中国化的一个最重要阶段。