目前，大学科技园和高新技术产业化发展的重要障碍主要表现在以下几个方面：（1）理念与体制问题。国内的科技园是学校的校办企业，因此从大学的角度上看，大学科技园相当于大学的一个行政部门，管理体制上是行政体制，但是从大学科技园自身发展的角度上看，它要求自己是一个现代企业的运行机制，要求的管理体制是市场化的管理。这样不同的理念和管理体制就构成大学科技园发展的特殊性原因之一，也造成了大学科技园发展的内在冲突。（2）产权与利益问题。在大学科技园的健康发展过程中，来自于产权方面的障碍首先表现在大学科技园建设之初的投资主体属性不清晰。第二个障碍来自于大学和大学科技园的科研成果转化的产权体系边界不清晰。第三个障碍是大学科技园内部的产权制度的不明确。（3）信息与沟通问题。从体制上大学科技园是大学的校办企业，这样常常会出现大学科技园与政府、社会以及科技园之间相互的沟通和联络不够，特别是大学科技园在加强产品研发能力的同时往往会忽视市场需求状况和需求信息，这在一定程度上会影响大学科技园技术转化方面的功能；另一方面，大学和大学科技园在运行过程中的信息是不对称的，因为大学科技园的产权关系不清晰，拥有最终决策权的是大学，而拥有大量实际信息的是大学科技园的管理人员，这自然就导致了决策过程的问题。（4）经费与政策问题。虽然目前我国的大学科技园绝大部分都得到了各级政府的大力扶持，但在资金、政策方面还有亟待解决的问题。 上述冲突源于大学和大学科技园的管理内在逻辑的冲突，因此必须对冲突进行内部控制，同时提供冲突控制的制度保障。现阶段比较合理的逻辑选择是维持两者的微妙平衡，同时从制度上维持两者的相对独立。大学与大学科技园冲突的内在逻辑体现了转型期大学变革的理念冲突，对此研究有助于对大学变革的更进一步认识。
