大学科层体制有其存在的合理性：（一）大学科层体制的效率诉求。现代大学的科层组织是将高等教育活动主体的多元市场行为“内部化”，以节约成本、提高效率的产物。它在制度化的规范与约束下，通过管理层级将市场交易活动在科层组织内部进行，大大减少了市场行为的多重契约性、不确定性和高风险性，从而降低成本、赢得效率。（二）大学科层体制：社会干预的通道。大学的社会责任是政治论高等教育哲学的现实表现，科层制则是政治论哲学在大学的实践运行机制，是行政权力在大学产生的基础和载体。为外界实现对大学的有效干预以及保持大学内、外部逻辑的平衡提供了条件。 大学科层体制的弊端：（一）行政规范与学术价值的冲突。学术自治要求大学在处理学术事务上，不受政府和行政权力的干涉；而科层制的行政规范则要求大学把一切活动都纳入规范化、程序化的运作范围，以提高效率。于是，强调约束、效率的行政规范和注重自由、平等的学术价值产生了明显的冲突。大学组织科层化的危机就在于，科层制行政权力的泛化导致学术权力被挤压而趋于萎缩，造成学术权力与行政权力的冲突和对立。（二）形式理性与实质理性的悖论。科层制是形式理性的产物，它的终极目标是效率。效率至上主义往往遮蔽、剥夺了人们对价值、信仰、理想等实质理性的追求。在大学科层体制中，占据统治地位的科层制的形式理性，往往压制大学的实质理性，导致行政本位和人性异化。（三）大学科层体制的低效率。科层体制决策权威的高度集中造成管理失误、决策低效。科层组织庞大的管制性规章导致成本高昂。大学科层体制扭曲了知识创新的自组织过程，造成学术管理低效。 后科层制是对科层制的矫正和超越，大学只有与时俱进，对科层体制进行自我调适与改造，才能在新的历史条件下获得新的发展。（一）科层制与学术自治的整合。在外部制度建设方面，要求实现大学法人化。内在制度建设方面，就是培育学术自由。（二）学习型组织的构建。大学要压缩管理层级，加强水平分权。根据大学自组织协调往往比线性行政管理更有效的特点，在保持必要监督的前提下， 把权力下放到学术活动的中心和底层。打破刻板的分工原则，促进分工柔性化，以填补科层制分工所留下的“职能真空”，大学向社会开放，引入市场竞争机制，促进科层组织人员的合作流动。
