高校贷款是政府积极财政政策的产物，但是由于没有考虑到高等教育的特殊性质，巨额的贷款将使高等教育、政府和社会为此付出沉重的代价。（1）高等教育的代价。在银行贷款办学过程中，银行作为经济组织的盈利性与高校作为非盈利组织的非盈利性必将产生矛盾和冲突。负债经营会严重影响高等教育自身的发展，使一些高校为了搞“创收”而置高等教育的内在规律于不顾，损害高等教育本身的品质。（2）政府的代价。公立高校所需资金应当由所有者即国家去举借，而不是由高校自己去举借，我国政府在高等教育大众化过程中明显存在责任缺失的过错。与此同时，本应由财政解决的资金问题，改由向银行贷款来解决，使得信贷资金财政化了，这极易导致借贷双方信用扭曲、道德风险增加。高校贷款表面上看减轻了政府的财政压力，但是，由于公立高校在组织性质上属于公共部门，高校贷款形成的债务属于公共债务，这意味着一旦高校无法向银行还贷款本息时，政府对高校贷款负有最终的偿付义务。因此，高校贷款只是推迟了政府财政支付的进程，并不能从根本上否定政府的财政支付及责任。高校贷款数额越大，政府未来为此付出的财政代价也越大。（3）社会的代价。通过贷款使公立高校的规模快速扩展，但与此同时却排斥了民间资本的进入，挤占了民办高等教育的发展空间，这对高等教育的可持续发展、人民群众的需求满足和整个社会经济结构的和谐共融，都将产生难以估量的不良影响。
