“效率优先，兼顾公平”说在高等教育中的提出和发展是时代的需要，有利于冲破极端“伦理道德中心”、“社会中心”的桎梏，有助于消解平均主义的束缚，有助于增强人们的效率意识。此说尽管具有重要的历史意义，但其本身具有明显的认识偏颇，存在不可克服的理论缺陷。首先，混淆了高等教育发展的目的与手段。对于高等教育而言，效率是必需的，但效率只是发展的手段，它不能解决高等教育的价值取向、目的、内容等问题。其次，偏离了高等教育应有的价值取向。如果以“效率优先，兼顾公平”作为高等教育改革与发展的原则，按照市场运行的逻辑将高等教育产业化，高等教育势必走向庸俗，最终堕落为个别群体、个人谋求私利的工具。第三，不适应科学发展观和“和谐社会”的要求。“效率优先，兼顾公平”很可能发展成为“只顾效率，不顾公平”，导致两极分化，积累社会危机。第四，淡化了高等教育行政的公共性。过分突出市场的作用，容易忽略政府对于高等教育发展所应承担的责任。 目前，“效率优先，兼顾公平”的负面效应已经显现，表现为：（1）加剧了高等教育中不合理甚至不合法的经济行为，如片面追求学校的创收，淡化道义与良知，偏离社会规则；（2）激化了社会矛盾；（3）延缓良性高等教育政策的正常运行。
