中亚国家独立后，美国即与它们逐步建立起安全军事联系。然而与欧洲、中东、东亚等地区相比，当时中亚在美国全球战略中尚不是处于重点的地位。“9·11 ”事件后反恐成为美国外交的重中之重，中亚在美国全球战略中的地位骤然上升，阿富汗战争则为美国军事力量大举进入欧亚大陆腹地提供了难得的机会。美国在中亚的军事存在不仅对中亚的战略格局产生了重要影响，而且已具有全球战略意义。伊拉克战争使美国的海外战线越拉越长，中亚恐怖主义、极端主义的回潮，以及布什政府积极支持“民主改造”和“颜色革命”，又使美国的中亚政策面临严峻的挑战。 “9·11”事件前美国与中亚的安全军事联系 1991年，美国与新独立的中亚国家建立了外交关系。与中亚国家发展关系的初期，美国对这些国家的兴趣主要在于促进民主化和自由市场经济，而不是在那里建立和拓展军事存在。安全合作之所以得以建立并扩大，起初是因为美国在防止中亚核扩散方面具有生死攸关的利益，特别是要消除前苏联遗留在哈萨克斯坦的核武器并防止该地区的核武器、核材料、核专家向外扩散。在这样的形势下，美国在中亚开展安全合作的重点自然首先是哈萨克斯坦。1993年12月，美国副总统戈尔与哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫签署了关于安全拆除哈境内核武器的框架协议，哈同意将境内的104枚SS－18导弹转移并销毁。次年2月，哈萨克斯坦总统纳扎尔巴耶夫访问美国，双方签署了一系列安全（包括核安全）、军事合作协议，建立了联合委员会，使安全合作制度化。同时，美国开始帮助哈萨克斯坦关闭其境内的核反应堆，并转移核物质。1996年塔利班在阿富汗掌权后，美国与乌兹别克斯坦的安全合作逐步加强。1998年2月，美－乌联合委员会成立，以应对来自阿富汗的恐怖主义威胁。1999年，美乌签订了一个协议，以拆除乌兹别克斯坦境内的一个生物武器研究机构并安置该机构的科学家。2000年3月，乌美安全合作取得重要成就，当时乌兹别克斯坦技术人员使用美国的探测器发现了从哈萨克斯坦运往巴基斯坦－阿富汗边界地区的放射性物质，并成功地将其截获。[1] 同年，美国给予乌兹别克斯坦一笔军事援助款项，用于乌军事装备的更新。2000年后，随着阿富汗形势日趋严峻，美国开始重视塔吉克斯坦的战略地位。2001年5月，美中央战区司令汤米·弗兰克斯将军访问杜尚别。他称塔吉克斯坦是一个有“重要战略意义”的国家，并承诺给予塔安全和军事援助。在这同时，美国与吉尔吉斯斯坦、土库曼斯坦的安全合作也不断加强。 在美国的推动下，哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦先后加入了北约和平伙伴计划。同时，美先后与哈、乌、吉、土、塔五国签署了多个军事交流协议。通过北约框架和双边渠道，美国大力加强与中亚国家的军事人员交流，与中亚国家频繁举行联合演习。美国每年都拨出资金，从上述各国接收军事人员赴美或北约机构学习。美国还大大加强了与上述国家各个层次的军事团组互访，其中高层往来尤为密切。美国防部长、参联会主席、美军中央战区司令等高官多次出访中亚，中亚各国国防部长和总参谋长也相继访问了美国。为促使中亚国家军队与美国和北约的作战指挥体制接轨，自1995年以来，美及北约与中亚国家军队先后举行了数十次双边和多边联合演习，演习规模和范围不断扩大，从沙盘、图上作业到首长司令部推演，从小规模实兵投入到整建制单位参演，内容也由维和、搜救、抢险扩展至特种作战和联合作战。1999年10月1日，经美高层批准，以前由欧洲战区负责的曾属前苏联的哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、土库曼斯坦、乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦五国在军事上转归中央战区负责。据不完全统计，从20世纪90年代初至“9·11”事件发生前，美国共向哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦三国军队提供了3000多万美元的直接军援，如加上间接或其他形式的援助，则远远超过这个数字。 1999年3月17日，在美国国会的听证会上，前无任所大使史蒂芬·西斯塔诺维奇总结了克林顿政府对中亚政策的四个目标：（1）民主化；（2）市场导向改革；（3）与西方政治军事机构的整合；（4）在不扩散、反恐、禁毒问题上的负责任的安全政策。他指出，维护中亚国家的主权、独立和领土完整，是美国中亚政策的基石。[2] 实际上，构成克林顿政府整体国家安全战略的若干重要原则就是美国中亚政策的依据。其中包括：建立打击犯罪和腐败的法律规则；作为美国能源供应多样化战略的一个组成部分，（为中亚等地区）创造稳定的能源出口环境；减少地区威胁（不扩散、恐怖主义）；发展区域合作以鼓励中亚国家在应对动乱和维护和平的事业中互相支持；等等。根据美国国会1999年3月10日通过的丝绸之路战略法案（Silk Road Strategy Act），美国承诺支持中亚和南高加索国家的政治、经济独立，并促进地区的经济合作与和解。该法案特别对加强边境管理提供援助，以促进禁毒、防扩散及打击跨境犯罪活动，对地区冲突中的难民提供人道主义援助，并对发展自由市场经济和相关基础设施给予援助。[3] 在1999年7—8月乌兹别克斯坦伊斯兰运动（以下简称“乌伊运”）对吉尔吉斯斯坦发动恐怖袭击后，反恐就成了美国中亚政策十分明确的组成部分。2000年4月， 美国国务卿奥尔布赖特宣布了一项新的中亚边境安全行动计划，为每个中亚国家提供三百万美元的额外安全援助，这笔援助最初是给吉、哈、乌三国的，后来也将土库曼斯坦和塔吉克斯坦包括在内。2000年8月，几名美国人在“乌伊运”对乌兹别克斯坦的攻击中被扣为人质。一个月后，美国国务院将与本·拉丹有密切联系的“乌伊运”列入了2000年的外国恐怖组织名单。布什入主白宫之初，在进一步强调能源重要性的同时，基本维持了克林顿中亚政策的核心内容。同时，在中亚国家的第一个十年结束之时，美国的决策者们，尤其是国会，对这些国家“民主化进程的滞后”表现出越来越失望的情绪，特别是吉尔吉斯斯坦和乌兹别克斯坦两国，更不时遭到“人权记录不佳”的责难。但就整体而言，当时民主化并非美国中亚政策的重点，中亚也非美国全球战略的重点。
