国库集中收付制度，又称为国库单一账户制度（Treasury Single Account），就是将所有的政府性财政资金集中到国库单一账户，所有的财政支出必须由国库直接支付。在这种制度下，财政资金的使用由各部门根据细化的部门预算自主决定，经财政部门核定后准予支出，财政资金由国库单一账户直接拨付给商品劳务的供应商，而不必经过支出单位进行转账结算。由于国库集中支付简化了财政资金的分配环节与拨付过程，因而被认为是当前规范政府资金收付比较彻底、比较完善、比较可靠的模式和反腐倡廉的治本性措施。 高等院校作为教育行政主管部门的二级预算单位被安排在第二批试点的单位，尽管高校对此颇有争议，但由于纳入国库集中收付改革的资金仅限于财政拨款，对财政拨款约占学校支出总额三分之一的地方院校来说，其影响还不十分明显。但从各地国库集中收付制度改革的进程来看，有的地方高校的学费收入也被列入国库集中收付改革范畴，高校对此表现了极大的忧虑，担心改革后高校的资金不能按时到位而影响学校正常运转，担心学校的筹资能力受到影响和自主办学能力受到削弱而制约学校的发展。 高等院校是培养高级专门人才、开展科学研究的殿堂，学术性是反映高校本质属性的最重要特征，也是高等学校区别于其它社会组织的关键所在。从社会组织划分的角度，高等学校既不是行政单位，也不是企业单位，而是不同于其它单位的社会组织第三部门；根据教育成本补偿理论，高等学校收取的学费收入，是对学校办学成本的补偿，不是政府的财政收入，也不同于其它事业单位的具有公共财政属性的预算外资金，因此不能简单地按其它事业单位预算外资金管理方式进行管理。 一、作为社会组织第三部门的高等学校所提供的教育服务，不是政府的行政行为 在现实生活中高等学校常常被认为是国家机构、公共部门、事业单位或产业部门，高等学校作为一类组织应归属于社会领域的哪一部门，不同的学者有不同的看法。在社会组织的三部门划分中，政府是第一部门的典范，企业则是第二部门的代表，教育理论研究者一般倾向于将公立高校归入第一部门，将营利的民办高校归入第二部门，而将非营利的民办高校归入第三部门。然而，近来有的学者又认为，现在的第三部门已是一个非常宽的概念，它泛指政府与企业之外的所有组织，从教育服务的提供者或学校举办者的角度来看，高等教育可以有第一部门举办的、第二部门举办的、甚至于个人提供的，但这与高等学校的组织属性无关，不能认为某一部门举办的高等学校就归属社会组织的某一部门，在组织定位上，所有的高等学校都是第三部门的性质[1]。从我国高等教育的现状与发展趋势来看，高等学校定位于社会领域的哪一部门，不仅取决于高等学校办学活动的社会公益性质，而且还与不同时期政府对学校事务的管理方式和学校对政府经费的依赖程度密切相关，学校对政府经费的依赖程度与学校拥有办学自主权呈负向相关关系。 在计划经济体制下，国家包揽了高等教育办学，政府对学校事务采取直接管理的方式，学校的办学自主权十分有限，学校仅具有“人才培训基地”的职责。此时，高等学校不仅在经费上完全依赖于政府部门，而且在职能上表现为政府部门的附属，高等教育系统与外部形成相对单纯的关系，其运行以政府为核心[2]，缺乏组织上的独立性，是典型的第一部门学校。在社会主义市场经济背景下，高等学校作为教育事业法人，可以“独立享有民事权利和承担民事责任”，同计划经济时期相比较，尽管学校仍然是政府部门举办的公立高等院校，但高校的职能主要是要直接面向市场，在为社会培养高级专门人才、进行科学研究的同时，还要为社会提供多方面的服务。此时，高校经费来源渠道也发生了结构性的变化，财政拨款已不是高校唯一的来源渠道，随着学校规模的扩大和经费自给能力的增强，财政拨款占高校支出的比例却呈不断下降趋势，地方高校尤为明显。显然，在市场经济条件下高校既是教育活动的组织者，又是办学行为的承担者，随着高校经费自筹能力与承担责任能力的增强，高校的办学自主权也不断得到增强。作为独立的办学实体，高校已不再是政府的附属，作为一类组织，此时的高等学校是不同于政府与企业的第三部门。 高等学校区别于政府和营利性企业组织，不仅表现在社会组织属性上的差异，还体现在职能、宗旨和价值取向等方面的差异。政府是全社会利益的代表者，主要通过法律和行政的手段获得、分配社会资源，并以维护社会公平、公正和国家安全作为组织的最高目标；企业是物质财富的创造者，它们通过竞争获取资源，并以利润最大化为价值取向；高等学校的职能是为社会发展培养合格人才、开展科学研究，它通过为国家、受教育者和社会提供服务而获得教育资源。同政府的行政行为相比较，高等教育是高等学校向社会公众提供的一种教育服务活动，是可以由接受人进行自由选择的市场行为，没有任何强制性，因此，发生在政府与高等学校的收费行为具有本质上的不同。高等学校获得的学费收入是以为社会公众提供服务作为其存在的主要合法性来源，是接受教育者的一种自愿市场行为；与财政收入固定性、无偿性和强制性的特点所不同的是，高等学校的学费具有自愿性和有偿性的特点。因此，作为独立法人实体的高等学校，其收费行为不同于政府各职能部门代为财政履行收费职责的行为，因而不属于政府获得财政性资金的行政行为。从这个意义上说，将高等学校的学费收入纳入国库集中收付，进入各级政府的财政收入统筹安排，是变相地将高等学校的责任和权利相分离，是将高等学校的职能与政府各部门的职能混为一谈的体现，作为独立法人实体的高等学校，将可能因此而丧失积极性，不再通过努力而争取更多的教育资源。
