在传统的政治法律关系下，政府与公立高校之间是一种内部行政性的委托代理关系，在这种关系中，政府全面掌握着国家教育权，也承担着全部的责任，而公立高校则只是政府的附属机构，只能服从政府的安排和指令。笔者指出，政府与高校之间内部行政性委托代理关系引发诸多问题：(1)政府与公立高校之间国有资产的委托代理问题，如国有产权“内排他性”导致所有者弱化，以至对代理人监督乏力，导致教育腐败，而多层次长链条的委托代理关系导致信息失真与失控；(2)教育权的寻租；(3)学术腐败；(4)制约公立高校自主发展。当公立高校成为独立法人后，政府与高校之间可能构建一种外部行政委托代理关系。根据市场精神及公共管理理念，重新配置国家教育权和社会教育权，并在高校主办者之间、高校之间、办学者之间形成竞争性的关系，能约束政府、高校以及办学者，确保公立高校独立自主的法律地位。具体来说，其措施主要有：(1)建立国家教育权和社会教育权之间的均衡关系。为此，应促使部分国家教育权让渡给国际非政府组织，部分国家教育权下放给地方政府，部分国家教育行政权社会化；(2)由中央政府、地方政府以及市场共同提供高等教育产品，形成主办者市场，通过市场机制约束高校主办者；(3)改革人事制度，形成办学者——校长市场，通过市场力量约束规范校长。
