本文认为，独立学院的出现和发展，是高等教育办学体制的一个创新。它兼具公立高校和民办高校的优势和特点，既有广阔的发展空间，又有丰富的改革内涵。教育部《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》的出台，为独立学院的进一步健康发展指明了方向。如何建立与完善高效能的独立学院的管理体制和运行机制，笔者提出以下基本思路：(1)以办学理念的转变和突破为先导；独立学院作为一种新的办学模式，对管理体制和运行机制提出了新的要求：一是要符合办学更加面向社会需求的功能定位；二是要适应独立学院高层次应用性人才培养的规格定位；三是要符合独立学院可持续发展的长远需要。(2)以健全的制度体系和精简的组织机构为基础；独立学院的领导体制必须保证党政各自功能的正常发挥，有利于学校重大问题的集体决策，有利于保证高校的办学方向，有利于行政系统形成强有力的工作体系；(3)在依托母体与自主办学之间寻找平衡点；要弄清楚母体宏观管理和学院自主办学之间的阈限。为此，必须了解独立学院这一事业法人的特点，逐渐明确其民事权利。(4)合理协调各方的利益关系；要在坚持依法办学原则的前提下，妥善协调各方利益，使之为提高办学效益和促进社会经济发展而和衷共济。
