政策制定过程实际上是国家主体对各个阶层的利益进行协调的过程，高等教育政策作为公共政策也是国家公共权力运行的具体体现。在这个权力运行过程中，不同的主体由于利益不同，表现在高等教育领域的要求也会不同，也会形成不同层次的价值冲突：(1)公平与效益—国家主体面临的分配冲突。对于中国这样一个高等教育教育资源稀缺程度较高的国家来讲，高等教育政策制定过程中如何兼顾提高国民素质的任务与培养能引导国家经济发展的高级人才就是一个不可回避的选择，公平与效益是任何一项高等教育政策都必须面对的两难选择；(2)学术自主与政治制约—研究者与决策者的价值冲突。现在中国的教育科学研究者与决策者的联系之复杂程度不亚于西欧与美国，呈现出高度一致表面下的重心分离的复杂局面。从表面上看，决策者在对研究的看法与作用的认识与研究者并没有质的分歧，但事实上，这种统一并不能掩盖两者在对教育科学研究评价上的分歧与对属于自己的既得利益的保护；(3)少数与多数—社会群体间的价值冲突。一国高等教育政策的制定与该国占主导地位群体的高等教育价值观会有更密切的联系，而不一定左右于人数最多的群体。但在民主的国家，显然任何一项政策的价值导向都应该以保证最大多数人的利益为目的的。高等教育如何体现最大多数的利益，这是高等教育政策无法回避的问题；(4)移植与内生存—两种文化的冲突。可以说，东西方文化中不同的大学理念的冲突与全盘引进的公共政策理论始终影响着中国的高等教育政策，我们必须从貌似自然的复杂事实中寻求价值选择的真实标准。
