作为一种交互式条件下寻求最优理性决策的互动行为，博弈在高等教育同样有着深刻而广泛的体现。笔者认为在高等教育领域存在许多对博弈的组合：(1)教学与科研之间的博弈。在不同的博弈环境下，教学与科研博弈的过程与结果是有区别的。一方面，在高等教育的大众化以及经费和科研时间、责任受到限制等内部和外部条件的作用下，一般会发生“教学漂移”和“科研漂移”。另一方面，尽管存在分化的因素，高教系统也同时存在与之对抗的条件，并因此形成二者的整合。就全世界大学发展的现状来看，所谓“教学与科研一定要结合、科研要为人才培养服务”的观点并不符合事实，目前更应该关注的是教学与科研职能在不同层次、不同类型学校之间的分化，而不是同化；(2)政府、市场与高校之间的博弈。这一组合是典型的三方博弈，它们之间的互动呈现出网络化的特征，它们的博弈过程与结果将对学术自由和大学自治产生深远的影响，可以分解为行政权力与学术权力、“象牙塔”与“推进器”之间的博弈；(3)公立高校与私立高校之间的博弈。我国公、私立大学之间的博弈主要体现在公办与民办高校之间。我国应根据高教发展的优势与不足，通过政府或市场的手段在公立与私立高校之间不断寻求新的平衡，特别是应从各方面给予公办、民办高校更多的自主权，承认其获得合理回报的正当性。
