延续近千年的书院不仅建构了有别于官学的独特教育体系，而且也成为各时期的学术大本营，形成了各自的学统。最初，由于诸如朱熹、陆九渊和张栻等学术大师讲学书院，传谕自己的学旨，引领后学，他们的学术思想逐渐成为这些书院的正统学术，由此形成了书院的学院。但由于书院的学术大师学旨各异，师承有别，且其教学宗旨各有特色，经过生徒传承，逐渐形成了书院的各自的学统。书院的后学们也自觉继承、尊崇、弘扬先师们的学术思想，以阐扬师说，光大学派门户成为书院的主要活动之一，这成为中国学术史上的一大特色。除此以外，书院学统之所以能广为流布，还与它尊道统为学统以及为道统而设立的祭祀有很大的关系。书院学统的形成过程往往也就是道统的创建过程。为强化自己的学术使命，提高本学统的学术地位，以朱熹、陆九渊为代表的书院大师们总是把自己的学术视为儒家道统的继承与发展，甚至将自己的学术与道统传承结合起来。为此书院逐步建立了祭祀先圣、先贤的制度，在设立文庙供奉孔子及颜渊、曾参、子思与孟子的同时，许多书院还将本学派的创始人、代表人物作为祭祀的对象。正因为书院祭祀标榜本书院的学统，激励后学继承发扬学派特色，所以学统与祭祀的结合使书院学统的地位得到了提升。
