建立现代大学制度，管理体制与机制的创新和变革是不可或缺的。理顺政府、高等学校与社会之间的关系，实现举办者、管理者、办学者的责权利分明，应该是在我国建立现代大学制度的重要目标之一。 高等教育管理系统在整个高等教育发展中占有重要地位，无论是发达国家还是发展中国家，历来都十分重视高等教育的管理。传统的高等教育管理体制十分注重政府对学校的调控、约束，但从现代大学角度出发，建立新型的高等教育管理体系，应更加着眼于使宏观调控、组织协调与服务相结合，使管理更加科学化、民主化、规范化。 我国长期以来高等教育管理体制是在高度集中的计划经济体制下形成的，其特点就是权力的高度集中，甚至形成政府或教育行政部门集举办、管理和办学三权为一身的状况，对高等学校的管理除计划、指挥、监督、控制外，更多地显示出“包办”、“代办”的倾向，往往造成管得过多，统得过死的局面。长此以往，高等学校就缺乏或丧失自主办学的活力和动力。现代大学制度下的高等学校，应是在政府的统筹规划、宏观指导下，依法面向社会自主办学的实体，这就要求建立一套与之相适应的管理体制和管理模式。 近年来，我国进行了以管理体制改革为重点的高等教育体制改革，明确提出要通过改革，逐步实现中央和地方两级管理以地方统筹为主，政府统筹规划、宏观管理，学校面向社会自主办学的新体制。随着共建、调整、合并、合作等一系列的措施的出台以及《高等教育法》的颁布实施，管理体制改革取得很大进展，但目前改革的进程距现代大学制度的建立还有一定距离。在传统的管理思想的作用下，管理者仍然不能摆脱过去管理思维定式，职能的转变、角色的转换远跟不上形势的需要，相应的模式与机制也尚未形成。正因为如此，一些改革的目标还仅仅停留在口头上。 高等教育管理是一个复杂系统，在管理者眼里，往往看重的是管理的干预性和控制性，而高等学校则更加注重管理的合理性与效率性。现代大学制度下的管理体制应是二者有机的结合。没有干预和控制，管理便不存在，但不合理的、过多的主观干预，也会降低管理的有效性。我们过去经常出现的“一统就死，一放就乱”的局面，实际上正是由于没有处理好二者之间的关系所致。建立现代大学制度就应该实现二者的有机结合。就我国的实际情况而言，如何使管理更加遵循高等教育的发展规律，更能有效地促进高等学校确立自主办学地位，形成自我发展、自我约束的机制，主动适应社会发展需要，是管理体制改革、模式和机制创新应重点解决的问题。要解决这些问题，有两个方面值得重视，一是要依法行政、依法管理，二是要充分发挥中介组织的作用，最终实际管理的科学化、民主化和法制化。 依法管理在某种意义上说，也是实现高等学校依法面向社会自主办学的必要条件。法的规范对于管理者和办学者同样重要，法可以保障双方各自的权力，同时也规范双方各自的责任与义务。对于管理者而言，法的意义不仅在于限定管理权限，规定该管的与不该管的，而更重要的是可以规范管理行为，防止和避免管理过程中过多的主观干预、顾此失彼，强化管理的合理性和有效性。因此，建立一套科学的、完善的高等教育法律、法规体系，是建立现代大学制度的重要环节，这在我国还需要一个相当长的过程。 另一方面，建立多种中介机构和组织并充分发挥其作用，是实现管理科学化、民主化的重要途径。中介机构的参与不仅是模式的变革，也是机制上的创新。中介机构和组织在某种意义上说，在政府与高等学校之间起到一定的缓冲、润滑作用。中介机构一般通过研究、咨询、评价、指导等功能的发挥，沟通高等学校与政府之间的联系，一方面有效地传达政府的思想、贯彻政府的意图，另一方面及时反映学校的要求和愿望，既可以约束政府违背办学规律、脱离实际的强制性干预，也可以制约高等学校有悖于政府方针、政策的偏激学术倾向。当然，这种中介机构应是真正意义上的中介机构，不应是行政部门的代言人或附属机构。中介机构的建立需要行政部门的支持和扶植，也需要社会各界和高等学校的认同。 然而，依法治教、依法管理，充分发挥中介机构的作用，单从形式上是很难保证管理的科学化、民主化的。就现代大学制度来讲，建立科学的管理体制和机制，关键还在于确立大学的办学主体地位。随着社会发展和时代进步，高等学校在社会中的地位和作用的提升，现代大学学术自由与学校自治的特性将愈加突出，大学对于社会经济发展的作用将更加通过独立自主的文化选择与批判来实现，因此，在教育立法中主体地位的真正确立可以使管理者避免越俎代庖、包办代替现象，中介机构参与也必须明确自身服务在主体是大学，而不只是政府或管理部门的附属，这样才能使大学的意见反馈渠道畅通，管理部门方针、政策的制订更具有现实依据，更少主观臆断。 就建立现代大学的管理体制而言，无论是体制改革，还是模式与机制的创新，其根本还在于思想观念的转变，如不突破传统的思想观念的束缚，不具备现代管理的意识，就不可能形成现代管理的理念，也不可能实现体制、模式的改革与创新。就这一点而言，高等教育管理的科学化、民主化的过程，也是高等教育现代化的过程。
