大学制度一般可以从宏观和微观两个层面进行界定。宏观的大学制度是指一个国家或地区的高等教育系统，包括大学的管理体制、投资体制和办学体制等；微观的大学制度是指一所大学内部的组织结构和运行机制，包括组织结构的分层、内部权力体系的构成等。在大学历史发展进程中，由于大学这一机构的特殊性和复杂性，还派生出了调节政府和大学之间矛盾冲突的中介机构，例如国外的大学基金委员会，大学教育审议会，大学校长协会等。这些机构同样是现代大学制度的研究范畴。 近代严格意义上的大学制度起始于中世纪大学，“行会”制度及组织形式是中世纪大学最初的根基，它以保护大学自身利益尤其是学者的利益和排斥外来干扰为鹄的。在此基础上，近代大学制度的基本理念开始形成，这就是大学自治和学术自由。在一定意义上，大学自治和学术自由既是近代大学的办学理念，同时又是近代大学制度的框架，或者说是大学理念的“制度形式”。学术自由和大学自治彰显着大学的本质和特性，构成了维系大学制度的基本内涵，并延续了大学这一特殊组织机构的生命和活力。中世纪大学的“学者行会”，使得中世纪大学与社会之间形成了一道难以逾越的藩篱，并被称为“象牙塔”；但另一方面，它所提倡的学术自由和大学自治为近现代大学制度的建构奠定了坚定的基础。 在大学制度的建构过程中，不同的社会价值取向和利益对大学制度的关注表现出不同的侧重点。事实上，宏观的大学制度更多地反映着社会外部的要求，它往往是社会政治和经济制度在大学制度上的缩影，表现出比较明显的时代特征。而微观的大学制度——内部组织形式和权力体系更多地积淀了大学的历史和传统，体现着大学自身的特性和“主体逻辑”。大学的本质和特性是建立大学制度的基础，无论是从宏观和微观的角度，大学制度的构建都应该是对大学本质和特性的关照。 随着社会和大学自身的发展，大学制度也要发生变革。当大学的职能囿于培养人才的范围之内时，大学组织形式的框架变化是以系、科变化为主的；当大学职能拓展到科学研究时，大学内部出现以研究为主的、与教学机构并行的研究机构；当为社会服务作为大学的重要职能应运而生时，研发中心、专业实验室、乃至于科技企业等在大学内部不断涌现。所以大学自身的不断成熟、职能的不断拓展，直接牵动了大学宏观和微观体制的变革，而且往往是以微观体制的变化为基础，进而影响宏观体制的变化。 但是应该说，虽然从表面上看，大学制度的变革是大学自身发展带来的，然而，变化的根本动力在于社会的发展。因为正是社会的发展和需要打破了大学“象牙塔”的藩篱，并导致了二战之后高等教育规模的急剧扩张，以及由此引发的大学价值观的多元取向。换句话说。是社会力量对大学的多元需求导致了大学制度的根本性动摇。例如，1962年，克拉克·科尔在《大学的功用》中提出的“多元化巨型大学”，直接撼动了大学制度的根基。他认为：“现代大学是一种‘多元的’机构——在若干种意义上的多元：它有若干个目标，不是一个，它有若干个权力中心，不是一个；它为若干种顾客服务，不是一种。它不崇拜一个上帝；它不是单一的，统一的社群；它没有明显固定的顾客。它标志着许多真、善、美的幻想以及许多通向这些幻想的道路；它标志着权力的冲突，标志着为多种市场服务和关心大众。”（陈学飞译，《大学的功用》，第96页）科尔理论的直接意义非常明显，即现代大学的理念和制度应采取多元的取向。但一个显而易见的事实是，这种变化是外部的挤压造成的，而当外部压力促使大学制度发生变化时，往往忽略大学的特性和本质，往往以损害和牺牲大学制度的根基——学术自由和大学自治为代价。 从某种意义上说，大学的历史就是大学制度的变革史，而在这一过程中，大学自治和学术自由始终是支撑着大学制度维系、发展的根本所在。在17世纪以前，大学经历了与宗教的抗争，并从宗教中分离出来；进而大学又时时处于国家和各级政府的干预之中，控制与反控制成为大学与政府之间的永恒主题。在20世纪以前的大学发展过程中，大学制度的变化是以极其缓慢的速度进行的，然而进入20世纪之后，随着大学的价值和职能逐渐被社会所认识，多种力量的介入使得大学的类型、职能日趋多样，大学制度也开始发生巨大的裂变。二战之后，世界范围内高等教育大众化的推进以及由此引发的大学经费危机，使得大学与市场的矛盾日益凸显，市场的力量又迫使大学以更加开放的姿态迎合社会的需求。这就进一步冲击着建立在大学自治和学术自由基础上的大学制度，并出现了大学制度合法性危机的话题，由此引起人们的关注。所以，人们正在赋予大学越来越多的使命和责任，例如，大学是动力站、知识工厂等。而在多样化的需求面前，大学的合法性基础必然发生动摇，大学制度创新迫在眉睫。 但是，无论大学制度怎样创新，它的根基不能改变。大学作为一种独特的组织机构，汇集了以追求真理为使命的学者团体。尽管社会的外部因素不断地对大学和学者团体提出各种要求，但学者团体对知识和真理的追求，集中体现在保护他们的大学自治和学术自由的根基之上。多元的社会需求和多元的大学价值观促使大学的制度发生着变化，但无论如何，大学是一个“按照自身规律发展的独立的有机体”，缺乏大学自治和学术自由的根基，现代大学制度就失去了存在的土壤和发展的空间。唯其如此，《世界高等教育宣言》明确指出：大学自治和学术自由是21世纪大学发展的永恒原则。 世纪之交，关于我国大学制度的问题引起了人们的反思。我国近代大学制度起始于京师大学堂，并经蔡元培在北大的实践得以建立。应该承认，在相当大的程度上，我国近代大学制度是一种舶来品，而作为大学制度根基的学术自由和大学自治又与我国的学术传统有很大差别。概括地说，几千年来中国学术研究的根本理念是实用性的，人文社会科学以服务于统治阶级为最高目的，“学而优则仕”就是最好的体现；就是自然科学，本应以自由探究的精神研究无关乎社会的自然现象，也不可避免地为实用观念所左右，致使古代科学所取得的成就大多是技术性，如四大发明等，而缺少科学理论、科学探究精神的涵养和积淀。到了近代社会，由于内忧外患，教育的外部功用进一步被强化，“教育救国”成了发展教育最重要的理由。大学制度在这样一种社会背景下被引入我国，虽然有识之士力倡自由和自治的理念，但学术自由和大学自治终究没有完全扎根于中国文化的土壤。在计划经济条件下，我国的大学制度又一次被迫转变，变成一种附属于计划经济体制的“计划制度”，“服从”成为大学制度构建和运作的根本指导思想。但是，在市场经济的冲击下，“计划制度”的弊端已经逐渐浮现出来，而以“服从”为基础的制度已经无法帮助大学应对社会的需求和挑战。那么，应该在什么样的基础上建立我国的大学制度？我国现代大学制度的根基究竟何在？是我们构建对世纪大学制度必须回答的问题。
