科学、宗教以及处于二者之间的哲学的分化、独立是经过一个长期而曲折的过程的。事实上，三者间的分化乃至相互独立的过程并不是同时发生的，而是存在着较鲜明的时间上的顺序，即使是对其中任何一方来讲，它的产生、发展乃至最终走向成熟形态也是呈现出阶段性的特点的。对此，我们不打算以更多的篇幅进行详细阐述，我们所关注的只是在这样一个互动的过程中，处于两极之间的科学与宗教具体是以何种方式，又是在哪些主要方面表现出矛盾关系的，而这又是如何影响处于两极之间的哲学的发展的，特别是怎样影响于作为哲学思想之灵魂地位的哲学方法论的的形成与变动的。 西方思想中两大对立且互动的力量是宗教和科学。西方主导思维方法——知性思维的形成及其思维偏向的变动均与此密切相关。从某种意义上讲，知性思维即哲学思维具体科学化的倾向，所以始终在“彼”与“此”的二极间来回摇摆，不过是西方人现实生活长期被人为地割裂为同科学和宗教相对应而存在的肉体与灵魂这样两个世界的深层次上的表现而已。 关于宗教与科学对西方人生活的重要性，罗素说：“宗教与科学乃是社会生活的两个方面，前者远在我们对人类思想史稍稍有点了解时就已经是很重要的了，而后者在希腊人和阿拉伯人中间时隐时现地存在之后，突然在十六世纪一跃而居于重要地位，而且从此以后对我们生活于其中的思想和制度产生越来越大的影响。”①罗素在此虽然没有提及宗教与科学的冲突或不相一致之处及其对西方人生活的影响，而实际上这却是二者互动关系的重要一面，同样深刻地影响着西方人的生活，如怀特海说：“科学的成果与宗教信仰已经到了公开决裂的地步，要么就放弃明确的科学学说，要么放弃明确的宗教信仰，此外就没有别的道路可走。”② 若就起源而言，科学的产生与宗教的问世是有着深层次联系的。在古希腊人那里，科学处于萌芽状态，宗教和哲学那时都还没有取得成熟形态，三者在某种程度上是掺杂在一起的，以至于有时很难分清楚一个认识究竟是科学的还是宗教的，抑或是哲学的。 希腊人理解的那种数学是一种关于静止宇宙的科学，在他们看来，每一个数、比率和几何形式都表达了一个静止的完成。这种看法的影响是很显然的：“结果是希腊哲学——至少在它的有影响的学派中——把最终的实在想象为超时间的静止存在。”这样一种关于世界图景的看法至少在三个方面影响着后来欧洲人的思维，“首先，静止的绝对变成了哲学的神学，这是一个基本的前提。其次，结构的抽象，例如数的观念和所有包含构成方式的观念都有一个最高存在，脱离它们存在在于其中的个别结构。最后，这些结构的抽象从本质上被认为创造没有什么关系。于是过程看不到了。”这样一来的结果便是“哲学和神学担负起来从来不变的、最终实在的世界中，推论出变化的历史世界的问题。”③ 作为最早的科学形态而出现的数学，它的最为基本的观念成份却渐渐被吸纳进反科学的宗教体系中去，并且成为构建这种宗教体系（指基督教）所必需的条件之一，从以后科学与宗教相互龃龌的历史来看，这一过程既让人费解，又颇耐人寻味。 上帝、自由、永恒，是基督教义的三个主要构成部分。此三者中，关于“上帝”的学说又居于核心地位。在关于“上帝”的一系列极繁琐的学说体系中，对“上帝”存在的各种证明一直都是各个时期最为杰出的宗教人士所关心的主要问题。深受亚里士多德学说影响的中世纪经院哲学把形式逻辑极度娴熟而又颇有些神秘化地应用到对上帝存在的种种论证过程中。形式逻辑系统尤其是三段论方法，讲究前后联系、逻辑一致，这样的方法是极合经院哲学家们的胃口的。他们在各种假定的前提下，运用形式逻辑推演出种种结构上严密、无懈可击的演绎系统，唯其如此，他们才会认为，以“上帝”为核心内容的基督教教义是任何人以任何理由也推翻不了的。历史的发展表明，这种建立在各种假设基础上，纯粹运用演绎方法推演出来的所谓“真理”，在丰富多彩、变化不定的现实生活面前，其权威性日益遭到世人的怀疑和否认。罗素曾相当深刻地指出过这种情形在方法论上的独到之处：“逻辑统一性既有长处又有弱点。长处是它保证任何人如果接受某一阶段中这一论据就必须接受以后所有阶段中这一论据；弱点是任何人如果抵制后来某一阶段中的这一论据，也必须抵制至少以前某一时期中的这一论据。教会在同科学的冲突中既表现出这种长处，又表现出这种弱点，而它们都产生于其教义的逻辑一致性。”④ 讲究“逻辑一致性”的教会哲学在自然科学尤其是物理学的日新月异的发展面前，日益显现出其固有的弊端。正是大约从这个时候起，宗教与科学的冲突才渐渐明朗化，双方争论或对立的焦点之一便是在各自所固守的用来获取“知识”或通达绝对真理的方法上。在此种意义上，罗素曾说：“科学借以得出它的信条、方法，同中世纪神学的方法完全不同。经验表明：从普遍原则出发，从而进行演绎是危险的，这不仅是因为原则可能是不正确的，而且还因为根据这些原则的推理可能是错误的。科学并不是从广泛的假设出发，而是从观察或实验所发现的特殊事实出发。”⑤ 罗素讲的这种“从观察或实验所发现的特殊事实出发”的科学方法，就是指由近代自然科学的奠基人之一的费·培根创立的经验归纳法。这种方法一反统治人们头脑的认识模式，主张把绝对的知识的追求的起始点放在现实世界的每一个具体事物上，而不是某一个或几个既成的逻辑的前提上。可以想见这种方法一经提出即刻会在整个社会引起极其强烈的反响，教会当然对此持反对态度。然而，事实终究胜于雄辩，在铁一般的客观事实面前，笃信纯粹抽象的演绎方法的教会人士也开始慢慢地采取一种退让妥协的姿态，渐渐地吸取了自然科学的若干成功的方法。正如罗素所总结的那样：“这种方法在理论上和实践上获得了如此巨大的成就，以至于迫使神学逐渐地适应科学。”⑥
